Related Posts Plugin for WordPress, Blogger...

2016年10月17日 星期一

DNA 也會玩大風吹??_Loop-mediated Isothermal Amplification


整理・撰文:王如初


有玩過大風吹嗎?一群小孩子,配上一定少一把的幾張椅子: 「大風吹!」「吹什麼?」「吹有穿/□□的人!」,聽這樣的指令,所有符合條件的小朋友瘋狂的尋找空位,而沒搶到的孩子就只好當下一場遊戲的司令,聚精會神的尋找其他人的共同點。

在分子的世界,目前還沒發現這麼有趣的現象。不過,我們可以用人為的方式讓DNA們去進行這樣的玩耍。1998年,日本容研公司研發出 LAMP 技術。LAMP,全名為 Loop-mediated Isothermal Amplification  (環形恆溫核酸增福法),顧名思義,它就是利用恆溫來進行 DNA 片段的放大,在這過程中並產生關鍵的 loop 環型構造,以便進行Target DNA 片段放大。那到底是什麼原理讓它也可以玩大風吹呢?

在這場遊戲裡,擔任司令的是一種酵素: DNA 鏈置換型反應聚合酶 (Bst),它具有很強的鏈置換活性,使DNA鏈分開而代替熱變性。遊戲開始之前,我們首先要來佈置會場。

我們在Target DNA3’5’各擺三張椅子,也就是各選三個特定區域:F3c, F2c, F1c以及B1, B2, B3。此時,椅子上都坐滿了與Target DNA互補的DNA所對應到的特定區域:F3, F2, F1B1c, B2c, B3c。但是除了這六個小朋友之外,還有四個小朋友也想要參與遊戲,它們就是與Target DNA上六個特定區域互補的primersFIP (forward inner primer), F3 (3’ forward outer primer)BIP (backward inner primer), B3 (3’backward outer primer)。順便一提,這個遊戲並非隨機的,而是官方開外掛作弊程式!

遊戲一開始,擔任司令的Bst馬上讓坐在位子上的六個小孩離開,換言之,它將雙股DNA打開。而這時第一個搶到位子的一定是FIPFIP是一個擁有F1cF2hybrid primer,當雙股打開時,FIPF2馬上與互補的F2c結合,並開始延長序列形成一條與target DNA互補的DNA。但是FIP並不會和F3c結合而空出一個位置,所以F3 primer便會搶下這個位子而且同樣開始延伸與target DNA互補的序列。延長的同時會把FIP的序列擠下來與之替換。被擠下來的FIP序列3’F1c, F2, F1F1cF1互補形成loop構造,並自己另開一局大風吹,參與遊戲的小朋友為BIPB3 primer。與FIP相似,BIP同樣為hybrid primer帶有B2B1cB2會與FIP序列的B2c結合併開始延伸,但是B3c的位置也一樣沒有人坐,所以被B3搶下並開始延伸同時把BIP序列擠下來。被擠下來的BIP序列,3’帶有F1Fc5’帶有B1B1c,所以各自互補結合形成二個loop構造中間夾著target DNA。您不覺得很像是大風吹嗎?



帶有doublet looptarget DNA 便會開始進行一連串的放大反應,而使用的 primer 一樣是 FIP BIP,分別從二端的loop 去進行合成延伸,得到數條帶著數段 target DNA 的雙股 DNA(只有loop的地方是單股連接的)。之後我們只要用限制酶將 target DNA 切下來就大功告成啦!如果還是有點模模糊糊,可以看看影片,就會比較了解囉~https://www.youtube.com/watch?v=ZXq756u1msE

LAMP 有需多令人驚豔的優點,像是它的產物可以直接肉眼觀察就可以確認反應是否成功。而且它只需要在65℃恆溫的水浴槽或乾浴槽就可以進行,非常方便!反應時間也不用太久,大約是 20 60 分鐘,非常適合沒耐心的你跟我。但是它有一個比較具有挑戰性的地方,就是必須針對 DNA 片段 6 個區域,設計 4 primer。不過相信身為生科人的你我,實驗如果沒有新的挑戰,就不好玩了對吧!

看完我們的介紹是不是對這個技術感到興趣呢?有沒有覺得自己越來越瞭解各種不同的 PCR形式了呢?

參考資料:
  1.  https://www.youtube.com/watch?v=L5zi2P4lggw
  2.  http://www.bioprotech.com.tw/databank/DataSheet/PathoDiag/LAMP%E7%B0%A1%E4%BB%8B_110704.pdf
  3. http://www.nature.com/nprot/journal/v3/n5/fig_tab/nprot.2008.57_F1.html

沒有留言:

張貼留言