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2016年10月6日 星期四

DNA 終極解碼器---Inverse PCR


整理撰文:楊孟勳
https://pixabay.com/zh/%E8%AE%BF%E9%97%AE%E6%95%B0%E6%8D%AE-%E5%AF%86%E7%A0%81-%E6%8E%A9%E7%A0%81-%E7%9F%A9%E9%98%B5-%E5%B4%A9%E6%BA%83-%E5%AE%89%E5%85%A8-%E7%AE%A1%E7%90%86%E5%91%98-%E6%94%BB%E5%87%BB-694542/

颱風天剛過,希望大家都平安,不知道大家都在颱風天做什麼呢?聽到外面強烈的風聲及雨聲,小編會戴上耳機將電腦音樂調到最大聲,這樣除了可以使我專心做事之外,也可以掩蓋窗外那令人恐懼的風雨嘶吼聲。
不過說到電腦的音樂檔,不知道你們知不知道,其實電腦的音樂檔也像 DNA 一樣是一串密碼喔!只是他是透過音頻解碼器來組合邏輯電路,將二進制代碼翻譯為特定的對象,藉此發出各種聲音,組合成好聽的音樂。哈!以上太複雜聽不懂沒關係,簡單來說,就是可以透過解碼器來解開一連串複雜的密碼~
那對於 DNA 來說,也有專屬他的解碼器喔~這次小編就來介紹一個屬於 DNA 的終極解碼器-Inverse PCR,就讓我們一起解出 DNA 的交響樂吧!!



通常送入宿主體內的目標基因,都是隨機鑲嵌在宿主基因的某個位置。在做完轉殖後,不知道你們會不會好奇,你送入的目標基因,會鑲嵌在宿主基因的哪個位置呢?透過這次小編介紹的 DNA 終極解碼器,就可以幫助你了解實驗有沒有成功喔!
Inverse,這個單字有逆向、反向的意思。實際上 Inverse PCR 就跟他的名字意義相同,DNA 的擴增方向與一般 PCR 方向相反。簡單來說就是放大已知序列兩邊的未知 DNA,然後把擴增完的未知 DNA 拿去分析及定序,進而得到 DNA 序列及詳細資訊。
這個技術也可以應用在分子遺傳學,像是可用來鑑定跳躍基因。所謂的跳躍基因,是一段可以透過 transposone enzyme 從染色體 DNA 上單獨複製或斷裂下來,環化後再插入另一位點,進而影響插入位點上基因調控的一段基因。就像是你把目標基因送入宿主細胞,目標基因會隨機插入染色體 DNA 一樣,跳躍基因也是如此。
所以如果想知道自己送入的目標基因,會鑲嵌在宿主基因的哪個位置或旁邊有甚麼基因時,就可以使用 Inverse PCR 這樣的技術來滿足你的好奇心。整個實驗流程如下:
1.     找一個限制酶剪切宿主基因,且這限制酶並不會切到你送入宿主的已知序列,限制酶會切下一段兩端具有相同切位的線形 DNA

2.     加入連接酶,由於兩邊切位相同可自黏形成環狀。



3.     之後,在已知序列上找一個限制酶切位,將環形 DNA 切斷成線狀。
最後,再加入目標基因引子,使用 PCR 技術擴增 DNA就可以擴增出未知序列啦!做完後只要拿去定序,就可以知道目標基因兩旁的序列是甚麼了~是不是很簡單啊!

如果還是有不懂的地方,可以搭配圖片一起看喔!還是無法理解的話,也歡迎留言,我們會為您進行更清楚的解說~

當然 Inverse PCR 放大的長度通常比一般 PCR 長很多,這時就可以參考前面的 L-PCR Hot start PCR 來增加產物的專一性,希望這次介紹的 PCR 技術有幫助你的實驗,期待下次見面~嘿嘿~

參考資料:
1.        維基 : https://en.wikipedia.org/wiki/Inverse_polymerase_chain_reaction

2.        百度 : http://wenku.baidu.com/view/118082f8c8d376eeaeaa31bf
3.        Youtube: https://www.youtube.com/watch?v=lADa4Is39Ek
4.        NCBI : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1203539/
5.        科學 Online : http://highscope.ch.ntu.edu.tw/wordpress/?p=42913

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