長片段 PCR 的問題

根據我們的統計，大部份的 PCR 實驗的目標 DNA 長度都在 5 kb 以內。但是大家偶爾還是會有長片段放大的需求，此時，選擇正確的 PCR 產品可能是成功與否的關鍵。



長片段 PCR 難做的原因大致如下：

1. 目標 DNA 的長度越長，模板內部就越可能會產生「髮夾構造」(hairpin) 這類會阻礙聚合酶前進的二級構造，導致無法順利放大長片段的產物。

2. DNA 聚合酶在複製 DNA 時，其實時不時地會做到一半中斷，從 DNA 上掉下來，然後再花一些時間重新結合 DNA 繼續進行複製。當目標 DNA 很長的時候，這種特性就會大大地影響 DNA 複製的效率，而且也會造成 DNA 複製的錯誤。如果選用 processivity 比較好的酵素，就比較不會從 DNA 上掉下來，可以減少這個問題。

3. DNA 中的 dC 在長時間加熱下，有可能會進行脫胺反應，然後轉變成為 dU。而 DNA 越長的時候，中間產生 dU 的機會也會提高。Pfu 這一類的聚合酶一旦碰到 dU 的時候就會中止反應，因而阻礙長片段放大。通常會建議進行長片段 PCR 時應該避免加熱變性步驟的時間太長。而能夠配合這樣特性的產品就比較容易成功放大長片段的 DNA。

Ten Giga Bio 的新產品 PerfectRead 針對長片段 PCR 的問題而特別調教，不但以蛋白質工程的技術提升了酵素的 processivity 以及專一性，也精心調配酵素緩衝溶液的配方，緩解二級結構的干擾。因此在我們的測試中，可以輕易地從 lambda DNA 模板放大出超過 10 kb 的產物。

PerfectRead 還具有「高保真」(high fiditity) 的特性，特別適合分子選殖實驗，甚至是以 PCR 進行的定位點突變 (site-directed mutagenesis) 實驗。PerfectRead 的效能不但在同等級的產品中表現突出，更重要的是現在有「上市特別優惠」，價格非常實惠，歡迎大家來試試看！